Radījums vārdā Pikselmons dzīvo Minecraft pasaulē. Kaut kā mūsu varonis devās uz attālākajiem valsts reģioniem, lai šeit apmestos un uzceltu nelielu pilsētu. Jūs spēlē Pixelmon Craft palīdzēsit viņam šajā jautājumā. Ekrāna priekšā jūs redzēsiet savu varoni, kurš atrodas noteiktā vietā. Tās malā būs redzama neliela karte ar ikonām, kas norāda dažādu resursu atrašanās vietu. Jūsu varonim būs jāapmeklē visas šīs vietas un jāiegūst šie resursi. Pēc tam, izmantojot īpašu vadības paneli, jūs sāksiet būvēt dažādas ēkas mūsu varoņa vajadzībām. Varat arī izveidot jaunus rīkus un ieročus.