Spēle Alien Quarantine notiek slepenas laboratorijas teritorijā, kurā tiek veikti eksperimenti ar notvertām citplanētiešu radībām. Vienam no citplanētiešiem izdevās atbrīvoties, viņš atbrīvoja pārējos un laboratorijā sākās īsts haoss. Spēles Citplanētiešu karantīna varonis tiek nosūtīts izlūkošanai, taču viņš saskaras ar bīstamu ienaidnieku. Viņam ir jāatjauno drošības sistēma, lai novērstu briesmoņu iekļūšanu citos sektoros. Lai to izdarītu, ir jāaktivizē vairākas ierīces, pārvietojoties un šaujot, izvairoties no citplanētiešu uzbrukumiem.
