Izmeklējot citu lietu, spēles Mystery Subway Escape 2 varonis detektīvs Maikls atrada slepenu ieeju pamestās metro stacijās. Tikai daži cilvēki par tiem zina. Runa nav par tehniskajiem tuneļiem, bet par stacijām, kas savulaik darbojās, bet viena vai otra iemesla dēļ izrādījās slēgtas un nepieprasītas. Tur bija palicis kāds aprīkojums, lietas un mantas, kuras netika izmestas, jo varētu vēl noderēt. Tieši tur mūsu varonis meklēs pierādījumus un pēc tam izeju, jo durvis, kurās viņš iegāja, kāds aizslēdza Mystery Subway Escape 2. Acīmredzot viņi viņu vēroja un nolēma atbrīvoties no rūpīgā detektīva.
