Spēles Pandemic 2 otrajā daļā jūs turpināsiet savu misiju iznīcināt visu cilvēci kā nāvējošu pandēmiju. Spēle sākas ar slimības veida izvēli: vīruss, baktērijas vai parazīts. Pēc tam jūs izvēlēsities infekcijas sākumpunktu. No turienes jums nāksies izplatīt savu slimību uz pārējo pasauli. Izplatoties visā pasaulē, jūs varat uzlabot savu slimību un padarīt to tā, lai cilvēki no tās neciestu. Pastāvīgi modificējiet savu vīrusu, lai cilvēce nevarētu piedāvāt pret to zāles. Tātad spēlē Pandemic 2 pakāpeniski jūs iznīcināsit visus planētas iedzīvotājus
