Līdz šim Mario bija jātiek galā tikai ar ļaunajām sēnēm, gliemežiem un citiem sava mūžīgā ienaidnieka Bouzera minioniem. Bet tie ir tikai ziedi, salīdzinot ar to, kas viņu sagaida Super Mario Commander. No Mario pasaules negaidīti tika veikts viltīgs uzbrukums no kosmosa. Briesmīgās un apburtās radības, kas bruņojušās līdz zobiem, nodarīja postījumus kādreiz mierīgajā valstībā. Mario būs jāuzņemas nopietns ierocis un jāspēlē supervaroņa lomā. Un, lai viņam izdotos, palīdziet santehniķa meistaram sev jaunu lomu. Ir nepieciešams atbrīvot platformas no kosmosa pirātiem un atkal atgriezt pasauli uz zemes, izmantojot Super Mario Commander.
