Pēc darbības veida mistiskās izmeklēšanas aģentūras locekļi, kuros Scooby-Doo ieņem ne pēdējo vietu, atrodas dažādās vietās. Visbiežāk tie ir bīstami un viņiem pat ir jāriskē ar dzīvību. Spēlē Scooby-Doo! Pāri bortam jūs dosities kopā ar varoņiem uz pirātu kuģa. Paši pirāti ir konfliktējoši puiši, un tad viņi vienkārši nokļuva strīdā un uz kuģa sākās satricinājums. Komanda tika sadalīta divās daļās, kas atrodas pretējos klāja galos. Viņi šauj ieročus, met zobenus un citus bīstamus priekšmetus. Šādā situācijā jums jāpalīdz Scooby nokļūt pāri klājam.