Toms dzīvo savā saimniecībā netālu no lielpilsētas. Mūsu varonis mīl izvēli un pastāvīgi cenšas attīstīt jaunas dažādu augu sugas. Jūs spēlē Merge Plants pievienojieties viņam viņa eksperimentos. Pirms ekrānā redzēsit spēles nosacīti sadalītu šūnās. Noklikšķinot uz tiem, jūs varēsit tajos augt dažādiem augiem. Pēc asnu parādīšanās jums būs jāatrod tie paši un jāsavieno kopā. Par to jums tiks piešķirti punkti, un tādā veidā jūs izcelsit jauna veida augus.