Sonicam ir iespēja tikt galā ar savu veco ienaidnieku Knuckles. Zilais ezis saņēmis negaidītu informāciju par pretinieka atrašanās vietu un grasās turp doties. Kopā ar savu draugu un palīgu Tailsu varoņi dosies uz salu ar lidmašīnu. Pēc nolaišanās viņi satiks Knuckles, bet viņš ātri pazudīs. Jums jāpalīdz Sonicam un viņa draugam vajāt ļaundari. Viņš uz salas ievietoja daudz slazdu, lai neviens viņu nevarētu panākt, taču Sonicu nevar apturēt, un jūs stingri kontrolēsit varoņa kustību, neļaujot viņam uzskriet asos tapas. Krāj gredzenus, tie vienmēr būs noderīgi Sonic 3 & Knuckles varonim.
