Apokalipse var notikt dažādu iemeslu dēļ, spēlē Apocalypse Run jūs palīdzēsiet varonim, kurš atradās apokalipses centrā, kas parādījās mašīnu sacelšanās rezultātā. Mākslīgais intelekts, kura parādīšanās tika tik gaidīta un tik ļoti apbrīnota tās straujās attīstības dēļ, nolēma, ka tagad tam nav vajadzīgi cilvēki. Turklāt tie ir pat kaitīgi, jo dara visu nepareizi, bieži uzvedas neracionāli, iznīcina vidi un nogalina savējos. Mašīnas prātā ir izveidojusies stingra pārliecība, ka cilvēks ir galvenais ļaunums uz planētas un tas ir jāiznīcina. Tā sākās sistemātiska cilvēces iznīcināšana, un Apokalipses skrējiena varonis vēlas no tā izvairīties, un jūs palīdzēsiet viņam cīnīties ar robotiem.
