Mario nav sajūsmā par Helovīnu, jo parasti šajā laikā Sēņu karaļvalsts plašumos tiek aktivizēti visi ļaunie gari un Bowser atbrīvo visus savus minionus, lai radītu nekārtību. Super Mario Flash Halloween Version jūs palīdzēsiet Mario atrast visus ļaundarus un pabeigt tos, lecot no augšas. Visi varoņa draugi un pat Luidži brālis slēpjas mājās un nebāz degunu ārā, tikai drosmīgais santehniķis ne no kā nebaidās. Un tam ir iemesls - tas esi tu, veiklais spēlētājs, kurš savaldīs varoni un neļaus viņam kļūdīties Super Mario Flash Halloween Version.
