Spēles varonis Ninja Assassin pieprasa, lai viņu sauktu par slepkavu nindzju, lai gan pēc izskata viņam ir maz līdzības ar nežēlīgu un nežēlīgu slepkavu. Turklāt visas spēles garumā viņš nevienam negrasās pieskarties ne ar pirkstu. Viņa uzdevums ir iziet cauri un savākt visas zelta zvaigznes. Jūs varat palīdzēt nindzjai, ja piesakāties spēlē. Pavadi viņu pa ceļu, lai viņš izvairītos no akmeņu kaudzēm, milzīgiem lamatām, kas acīmredzami izliktas lācim, un visādām dīvainām daudzkrāsainām radībām. Jebkura sadursme ar iepriekš minētajiem objektiem, gan dzīviem, gan nedzīviem, novedīs pie nindzju kampaņas beigām Ninja Assassin.