Paskaties Sēņu valstībā, atkal notika ārkārtas situācija - princese Persika tika nolaupīta. Bet šoreiz ļaunajam Bowseram ar to nav nekā kopīga, jo tas nav pārsteidzoši. Nabaga lietu aizvilka ļauns spoks un ar ķīlniekiem aizbēga uz pavisam citas pasaules tumšo pusi, nepiederot tai, kurā dzīvo Mario. Drosmīgajam santehniķim būs jāpāriet Minecraft pasaulē un jāatrod nolaupītājs. Atrodoties svešā teritorijā, Mario kļūs kā bloka iedzīvotājs, un tas nav pārsteidzoši, ka viņam nav vajadzības izcelties. Palīdziet varonim Super Mario MineCraft Runner skriet pa garu ceļu ar šķēršļiem, vācot monētas.
