Spēles varone F. E. A. R. : Silent Facility - ātrās reaģēšanas uzbrukuma komandas virsniekam tika uzdots atrast un neitralizēt objektu, no kura tiek pārraidīta dīvaina pārraide. Reizi nedēļā vēlu vakarā viņa pārraida informāciju par nāves gadījumiem, kas notiks tuvāko septiņu dienu laikā. Meklēšana noveda varoni uz nabadzīgāko pilsētas rajonu, kur pēkšņi parādījās labi aprīkoti karavīri un mēģināja apturēt virsnieku. Tas norāda, ka varone ir izvēlējusies pareizo virzienu un viņi vēlas viņu apturēt par katru cenu. Palīdziet viņai cīnīties ar uzbrukumiem un virzīties uz priekšu F. E. A. R. : Klusā iekārta.
