Mafiju Japānā sauc par Jakuzu, un tā ir ļoti nopietna noziedzīga organizācija, kas darbojas ārpus likuma saskaņā ar saviem noteikumiem. Ja viņai kaut ko vajag, viņa to ņem neatkarīgi no to cilvēku dzīves un vajadzībām, kuri stāv viņiem ceļā. Samurai vs Yakuza iepazīstina jūs ar samuraju, kurš vēlas glābt savu ciematu. Bandītiem viņa patika senā tempļa dēļ, kas atrodas viņas teritorijā. Šajā templī ir vairākas vērtīgas figūriņas, kuras jakuzas galva gribēja iegūt savā īpašumā. Mūsu varonis stāvēja ceļā veselai mafijas armijai un ar jūsu palīdzību atvairīs melnos tērpto laupītāju uzbrukumu Samurai vs Yakuza.
