Sēņu valstība Mario kļuva par mazu un viņš devās izpētīt citas pasaules, kas neizskatās tik draudzīgas. Taču leģendārais santehniķis nav svešs, jo pat savā dzimtajā pasaulē viņam pastāvīgi jācīnās ar Bowser’s minioniem. Taču svešā pasaulē Super Mario Stacks spēle būs vēl grūtāka, un ne jau tāpēc, ka tur būtu daudz ienaidnieku, gluži pretēji, tur var nebūt. Taču pārvietoties pa pasauli nav viegli. Galu galā tas sastāv no kvadrātveida platformām, kas atsevišķi peld gaisā. Uzlecot uz nākamo, varonis noslēdz ceļu atpakaļ, jo iepriekšējā flīze pazūd. Turklāt jāpārvietojas ātri, jo Super Mario Stacks var arī pazust nākamais.
