Drosmīgajam Kioto nindzjam pēc ordeņa priekšnieka norādījumiem jādodas uz Tumšajām zemēm un jāatrod tur senie artefakti. Spēlē Ninja vs Zombies jūs pievienosities viņam šajā piedzīvojumā. Jūsu varonim būs jāiet cauri daudzām vietām un jāpārvar dažādas briesmas. Zombiju bari klīst pa vietām, ar kurām jūsu varonim būs jācīnās. Stājoties cīņā ar viņiem, varonis izmantos dažādus ieročus. Iznīcinot dzīvos mirušos, jūs nopelnīsit punktus, kā arī varēsit savākt trofejas, kas no tiem izkritīs. Ar iegūtajiem punktiem spēļu veikalā varat iegādāties dažādus ieročus un munīciju savam varonim.
