Pēc trešā pasaules kara daudzas pilsētas atrodas drupās. Pārdzīvojušie cilvēki ir apvienojušies grupās un tagad cīnās par savu izdzīvošanu. Spēlē The Last Squad jūs komandēsiet karavīru vienību, kas devās meklēt pārtiku un zāles. Pirms jūs ekrānā redzēsiet sava sastāva karavīrus, kuri atradīsies vienā no pilsētas kvartāliem. Izmantojot īpašu vadības paneli, jūs vadīsit katra karavīra darbības. Jums būs jāliek viņiem virzīties uz priekšu. Tiklīdz jūs atradīsit ienaidnieku, iesaistiet viņu cīņā. Izmantojot dažādus kājnieku ieročus, granātas un sprāgstvielas, jums būs jāiznīcina ienaidnieks un jāiegūst par to punkti.