Pikseļu pasaulē dzīvo drosmīgs samurajs ar nosaukumu Kioto. Šodien mūsu varonim jābrauc uz attāliem savas valsts rajoniem un jācīnās tur ar dažādiem noziedzniekiem. Jūs šajā spēlē viņam palīdzēsit Pixel Samurai. Jūsu samurajs būs redzams ekrānā, kas atrodas jūsu priekšā, kas atrodas noteiktā apgabalā. Izmantojot vadības taustiņus, jūs liksit viņam skriet uz priekšu. Uzmanīgi paskatieties uz ekrānu. Ceļā uz jūsu varoni parādīsies dažāda veida šķēršļi un caurumi zemē. Kad jūsu varonis atrodas noteiktā attālumā no šīs bīstamās zonas, jums būs jāliek viņam lēkt. Tādējādi jūsu varonis lidos pa gaisu caur šīm briesmām un varēs turpināt savu ceļu.