Ne velti mūsu nindzja daudzus gadus sevi izsmēla ar apmācību augstkalnu klosterī. Pateicoties viņiem, viņš kļuva par labāko savā biznesā, ļoti ātrs un ļoti veikls. Un tagad pasaules liktenis, kurā viņš vēlas dzīvot, ir atkarīgs no viņa prasmēm un spējām. Atomelektrostacijā pastāv eksplozijas draudi. Tas atrodas tālu no apdzīvotām vietām, bet, ja notiks sprādziens, tam būs tik liela vara, ka tas nevienam nešķiet. Un no varoņa dzimtā ciemata nav palikuši pat nedaudz pelnu. Jums dažu minūšu laikā jānokļūst līdz stacijai un jāizslēdz reaktors. To joprojām var izdarīt, taču, izņemot nindzju, nevienam nav tāda ātruma. Bet viņam būs jāskrien, apejot daudzus šķēršļus, un šeit jūs nevarat iztikt bez palīdzības viņam pabeigt līmeņus, pirms spēlē Nuclear Ninja ir beidzies laiks.
