Jaunajā spēlē Ninja Run jums būs jāpalīdz drosmīgajam ninja izpildīt viņa pavēles vadītāja uzdevumu. Jūsu varonim būs jāiekļūst aizsargātajā zonā un jāvāc tur maģiskās zvaigznes, kas tur parādās noteiktā laikā. Tavs varonis brauks pa ceļu, pakāpeniski iegūstot ātrumu. Tiklīdz pamanāt zvaigznes, mēģiniet tās savākt. Pa ceļam nāksies saskarties ar dažāda veida šķēršļiem un slazdiem. Jums kontrolējot savu varoni, būs jāpārlec viņiem pāri. Ja jums nav laika reaģēt, tad jūsu varonis mirs un jūs neizturēsit līmeņa pāreju.