Senajā Japānā bija īpaši tempļi, kuros viņi gatavoja tādus karus kā ninja. Jūs spēlē Ninja Runs 3d dodieties pie viena no viņiem un palīdzat vienam ninja iziet dažāda veida apmācību. Šodien tavam varonim būs jāskrien pa speciāli izveidotu šķēršļu trasi kopā ar citām nindzjām un vispirms jānonāk finiša taisnē. Jūs pārvaldīsit viņa rīcību. Jums ir jāpārlec pāri daudziem šķēršļiem, jākāpj pa dažādiem šķēršļiem un jāveic vēl daudzas citas darbības, kas palīdzēs tavām nindzjām uzvarēt konkursā.
