Secret Lagoon vēsturē jūs tiksieties ar Paulu. Viņš ir trešās paaudzes jūrnieks un bieži ceļo uz sava mazā laiva ar burām. Varonis mīl izpētīt jaunas vietas, dodoties garos ceļojumos. Šoreiz viņš bija pasakains laimīgs, viņš atrada lagūnu, kas nav atzīmēta nevienā kartē. Šķita dīvaini, jo nebija gandrīz baltu plankumu, visa sala tika atzīmēta un izmeklēta, un kāda iemesla dēļ viņi neatbildēja uz šo lagūnu. Kapteinis gatavojas nostiprināt un pārbaudīt vietu. Viņš vēlas noskaidrot atrastos objektus, kas bija šeit pirms viņa un kāpēc tas tagad ir pamests.
