Nindzjas parādījās viduslaiku Japānā un kalpoja kā spiegi, skauti un izlūkošanas diversanti. Viņi valkāja tumšas drēbes, aizsedza seju un pārsvarā operēja naktīs, pārvietojoties klusi un pildot uzticētos uzdevumus. Visas nindzjas apguva ninjutsu mākslu. Būtībā nindzjas ir karavīru veids, ko izmanto īpašās operācijās, piemēram, Japānas specvienības. Arī spēles Ninja Speed Runner varonim ir uzticēta slepena misija, tāpēc viņš ātri pārvietojas. Viņam pretī lido Šurikeni, no kuriem viņam ir jāizvairās, un jūs viņam palīdzēsit, liekot varonim lēkt vai pīlēt Ninja Speed Runner.
