Nindzja tikko bija atgriezusies no pārgājiena un nolēma apmeklēt savu dzimto klosteri, kur viņš mācījās, un savu mīļāko skolotāju, kurš deva viņam milzīgu zināšanu daudzumu un iemācīja viņam kontrolēt savu ķermeni un garu. Viņš atrada mūkus izmisumā un lielā neapmierinātībā. Iepriekšējā dienā sarkanie samuraji uzbruka klosterim un nozaga seno akmeņu kolekciju ar rūnām. Tie ir svētakmeņi, kas klosterī glabājušies gadsimtiem ilgi. Mūsu varonis zvērēja atdot visu nozagto un nekavējoties devās ceļā. Palīdziet Ninja Run varonim izpildīt viņa svēto misiju. Nindzja skries, un jūs palīdzēsiet viņam savlaicīgi lēkt pāri šķēršļiem un ienaidniekiem, savācot akmeņus.
