Pilsētā ielauzās Skibidi tualešu armija, un tagad neviens no iedzīvotājiem nevar justies droši. Viņi ir ārkārtīgi nežēlīgi un agresīvi, taču cilvēcei ir diezgan daudz šādu ienaidnieku. Daudz briesmīgāks ir fakts, ka viņi spēj pārvērst cilvēkus par savējiem un pastāvīgi palielināt viņu skaitu. Lai to novērstu spēlē Skibidi Toilets: Infection, pilsētas varas iestādes nolēma nelaist ielās nevienu cilvēku, pat karavīrus, jo viņi ir pakļauti riskam. Tā vietā tika uzaicināti operatori, jo viņi ir imūni pret briesmoņu iedarbību un viņiem ir liela pieredze cīņā ar tiem. Jūs kontrolēsit vienu no šiem īpašajiem aģentiem. Paņemiet ieročus un sāciet ķemmēt pilsētas ielas. Sekojiet līdzi situācijai apkārt, jo Skibidi tualetes var parādīties no jebkura virziena, un jums ir jābūt gatavam. Tiklīdz atrodat ienaidnieku, noķeriet viņu tvērienā un sāciet šaut. Par katru iznīcināto briesmoni jums tiks piešķirti punkti, un jūs varat tos izmantot munīcijas papildināšanai un ieroču uzlabošanai. Katrā līmenī būs noteikts skaits Skibidi tualetes. Jums tie visi ir jānovērš, lai pārietu uz nākamo posmu Skibidi tualetēs: infekcija.