Princese Pīča atkal ir nolaupīta, Bousers nevar nomierināties, un ir pienācis laiks doties pensijā, taču joprojām uzdāviniet viņam skaistumu. Mario ir jādodas ceļā, un viņš arī nav pirmais svaigums. Pirmo reizi santehniķis šaubījās par savām spējām un nolēma aicināt palīgā Sonicu, zinot, kā viņš var ātri skriet un lēkt augstu. Tikmēr, kamēr Sonic ierodas, jūs varat kontrolēt Mario un palīdzēt viņam savākt monētas un lēkt uz Bowser rokaspuišiem. Pēc tam jūs varat pārslēgties uz Sonic, bet viņam būs jāvāc gredzeni, taču abiem varoņiem ir viens mērķis - glābt princesi Super Mario un Sonic.
