Drosmīgs nindzju karavīrs iekļuva senā cietumā. Mūsu varonim tas būs jāizpēta un jāsavāc visas zelta burvju monētas. Jūs spēlē Ninja Auto Run palīdzēsit viņam šajā piedzīvojumā. Pirms ekrāna jūs redzēsit vienu no cietuma telpām. Jūsu varonis skries uz to noteiktā ātrumā. Viņa ceļā parādīsies no zemes izlīdušās tapas, dažāda augstuma šķēršļi un citi slazdi. Kad tavs varonis saskarsies ar šīm briesmām, tev būs jāliek viņiem lēkt. Tādā veidā jūsu nindzja lidos cauri visām šīm briesmām. Ceļā palīdziet varonim savākt zelta monētas, par kurām jums tiks piešķirti punkti Ninja Auto Run spēlē.