Spēles Sonic Advance 3 trešajā daļā jūs turpināsiet palīdzēt drosmīgajam Sonicam un viņa draugiem cīnīties pret vājprātīgo doktoru ļauno. Trakais vēlas uzcelt veselu pilsētu, kurā viņš audzēs monstrus. Lai to izdarītu, viņam būs nepieciešami Haosa akmeņi. Sonic tie vispirms ir jāatrod. Pirms jūs uz ekrāna būs redzams jūsu varonis un viņa pavadonis. Izmantojot vadības taustiņus, jūs vienlaikus kontrolēsit abu varoņu darbības. Jums būs jāliek viņiem pārvietoties pa atrašanās vietu un rūpīgi jāpārbauda viss. Meklējiet akmeņus un priekšmetus, kas izkaisīti pa visu vietu, un savāciet tos. Pa ceļam jūs sastapsiet šķēršļus un slazdus, kuriem jūsu varoņiem būs jāpārlec. Ja viņi satiekas ar monstriem, varoņi varēs tos apiet vai iznīcināt, pievienojoties kaujai. Par pretinieku nogalināšanu jums tiks piešķirti punkti Sonic Advance 3.