Armagedona organizēšana kaujas laukā ienaidniekam var būt vienkārša un pat bez tiešas dalības kaujā, bez šaušanas vai kaujas burvestību izmantošanas. In Puzzle Quest Armageddon jūs palīdzēsiet savai armijai uz spēles laukuma. Kaujas iznākums būs atkarīgs no jūsu darbībām. Labajā pusē ir lauks, kurā saplūs divas armijas, un labajā pusē parādīsies dažādu ikonu kopums, no kuriem katrs nozīmē noteiktas darbības: sprādzieni, īpašu burvju iebiedēšanas vai iznīcināšanas metožu izmantošana, jaunu kaujas vienību ieviešana kaujā: karotāji ar dažādām prasmēm un pat roboti. Lai to izdarītu, ātri jāatrod un jāizveido trīs vai vairāk vienādu elementu kombinācijas. Noklikšķiniet uz lauka starp elementiem, kurus vēlaties apmainīt, tiem vajadzētu mirgot, un tikai pēc tam viņi var apmainīties ar atrašanās vietām.