Ninja bruņurupuči atgriezās no nākamā uzdevuma un konstatēja, ka viņu skolotāja Splinter trūkst. Manhattanā pēdējā laikā nemierīgi bija daudzi mutanti un kāds aiz sevis. Bruņurupuču komanda jau bija kavējusi vairākus nelietīgus plānus, un neredzamais ienaidnieks nolēma atriebties nežēlīgi, nolaupot viņu jutekļus.