Bear Banjo kopā ar savu māsu dzīvo meža dziļumos. Kā vienu dienu mūsu raksturs pamodās un konstatēja, ka viņa jaunākā māsa bija pazudusi. Tagad spēlē Banjo-Kazooie, mēs palīdzēsim viņu atrast. Lai palīdzētu, mūsu raksturs vērsās pie burvju putna Kazue. Pēc burvju rituāla viņa uzķēra taku un lidoja gar tā. Tagad, kad jūs izmantojat varoni, viņam būs jābrauc pēc viņas, neatstājoties. Esi uzmanīgs ar to, kā tev būs slazdi un tu vadīsi varoni, viņiem būs jāpiespiež. Dažreiz jūs varat saskarties ar dažādiem agresīviem monstriem, un jums būs tos iznīcināt.