Senajā Japānā bija pastāvīgs karš starp divām kareivju karavīriem - samurajiem un nindzēm. Tu spēlē Ninja Runner, kas cīnīsies Ninjas ordeņa pusē. Jūsu varonis saņēma pasūtījumu no pasūtījuma vadītāja, lai veiktu izlūkošanu vienā mežā, kur var slēpt samuraju atdalījumus. Jūsu varonis drosmīgi pieplieda mežā un skrēja pa ceļu. Daudzi briesmas un slazdi viņu gaida viņa ceļā. Jūs kontrolējat savu raksturu, lai viņu lēkt un neietilpst šajos slazdos. Ja jūs saskaraties ar ienaidnieka karavīriem, jums visiem būs jāiznīcina ar zobena palīdzību. Vienkārši savāc dažādus priekšmetus, kas ietilpst viņa ceļā.