Netālu no neliela ciemata, kas atrodas Japānā, parādījās dzīvi mirušie. Viņi naktīs klīst pa apmetni un medī cilvēkus. Drosmīgais nindzju karavīrs Kioto saņēma pavēli no imperatora iznīcināt zombijus. Jūs spēlē Ninja Versus Zombie palīdzēsiet nindzjai šajā jautājumā. Pirms ekrāna parādīsies apgabals, kurā atradīsies jūsu varonis. Izmantojot vadības taustiņus, jūs vadīsit nindzjas darbības. Viņam būs jāskrien uz priekšu pa reljefu un uzmanīgi jāpaskatās apkārt. Pa ceļam viņš varēs savākt zelta monētas un citus priekšmetus, kas izkaisīti visā atrašanās vietā. Tiklīdz satiec zombiju, uzbrūk tam. Izmantojot dažādus ieročus no nindzju arsenāla, jūs iznīcināsit zombijus spēlē Ninja Versus Zombie un iegūsit par to punktus.